Annotation Conf. Call, April 10, 2012: Difference between revisions

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|-
| 4||acts_at(SO id)||P||C||||PomBase||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|-
| 3||dependent_on(GO id)||P||C||||BHF-UCL||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|-
|-
| 4||acts_at(SO id)||||P||C||||PomBase
| 38||dependent_on(GO id, Pfam id or PomBase id) ||P||C||F||PomBase||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|-
|-
| 3||dependent_on(GO id)||||P||C||||BHF-UCL
| 39||dependent_on(GO id, UniProtKB id) ||P||C ||F||UniProt-GOA||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|-
|-
| 38||dependent_on(GO id, Pfam id or PomBase id) ||||P||C||F||PomBase
| 288||during (GO id)||P||C||F||PomBase||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|-
|-
| 39||dependent_on(GO id, UniProtKB id) ||||P||C ||F||UniProt-GOA
| 3||exists_during(GO id)||||C||||PomBase||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|-
|-
| 288||during (GO id)||ideally, use child terms, exists_during or happens_during||P||C||F||PomBase
| 3||exists_during(GO id)||||||F||UniProt-GOA||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|-
|-
| 3||exists_during(GO id)||||||C||||PomBase
| 2||exists_during(GO id) ||||C||||dictyBase||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|-
|-
| 3||exists_during(GO id)||||||||F||UniProt-GOA
| 7||happens_during(GO id)||P||||||BHF-UCL||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|-
|-
| 2||exists_during(GO id) ||||||C||||dictyBase
| 1||happens_during(GO id)||P||||||PomBase||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|-
|-
| 7||happens_during(GO id)||||P||||||BHF-UCL
| 39||happens_during(GO id)||P||C||F||UniProt-GOA||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|-
|-
| 1||happens_during(GO id)||||P||||||PomBase
| 2||has_binding_specificity(SO id)||||C||||PomBase||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|-
|-
| 39||happens_during(GO id)||||P||C||F||UniProt-GOA
| 12||has_downstream_target (UniProt id)||P||||||BHF-UCL||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|-
|-
| 2||has_binding_specificity(SO id)||||||C||||PomBase
| 18||has_downstream_target(UniProt id)||P||||||UniProt-GOA||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|-
|-
| 12||has_downstream_target (UniProt id)||||P||||||BHF-UCL
| 139||has_input(CL, UBERON, UniProt and CHEBI ids) ||P||||F||UniProt-GOA||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|-
|-
| 18||has_downstream_target(UniProt id)||||P||||||UniProt-GOA
| 7||has_input(UniProt id) ||P||||||BHF-UCL||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|-
|-
| 139||has_input(CL, UBERON, UniProt and CHEBI ids) ||||P||||F||UniProt-GOA
| 1||has_output(UniProt id)||P||||||BHF-UCL||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|-
|-
| 7||has_input(UniProt id) ||||P||||||BHF-UCL
| 1||has_participant(GO id) ||P||||||BHF-UCL||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|-
|-
| 1||has_output(UniProt id)||||P||||||BHF-UCL
| 49||has_participant(GO, UniProt id) ||P||||F||UniProt-GOA||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|-
|-
| 1||has_participant(GO id) ||||P||||||BHF-UCL
| 26||has_regulation_target (ChEBI id, Ensembl, UniProt ids)||P||||||BHF-UCL||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|-
|-
| 49||has_participant(GO, UniProt id) ||||P||||F||UniProt-GOA
| 745||has_regulation_target(UniProt id) ||P||||F||UniProt-GOA||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|-
|-
| 26||has_regulation_target (ChEBI id, Ensembl, UniProt ids)||||P||||||BHF-UCL
| 48||has_substrate (Genedb_Spombe, PomBase, PR, GO ids)||P||||F||PomBase||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|-
|-
| 745||has_regulation_target(UniProt id) ||||P||||F||UniProt-GOA
| 329||has_substrate(CHEBI and UniProt ids)||P||||F||UniProt-GOA||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|-
|-
| 48||has_substrate (Genedb_Spombe, PomBase, PR, GO ids)||||P||||F||PomBase
| 1||has_substrate(CL id) ||||||F||BHF-UCL||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|-
|-
| 329||has_substrate(CHEBI and UniProt ids)||||P||||F||UniProt-GOA
| 1||has_target_anatomical_entity(GO id)||||||F||BHF-UCL||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|-
|-
| 1||has_substrate(CL id) ||||||||F||BHF-UCL
| 37||has_target_cell(CL id)||P||||||UniProt-GOA||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|-
|-
| 1||has_target_anatomical_entity(GO id)||||||||F||BHF-UCL
| 1||has_upstream_or_downstream_target(UniProt id)||P||||||UniProt-GOA||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|-
|-
| 37||has_target_cell(CL id)||||P||||||UniProt-GOA
| 76||in_presence_of(GO, ChEBI, UniProt id)||P||||||UniProt-GOA||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|-
|-
| 1||has_upstream_or_downstream_target(UniProt id)||||P||||||UniProt-GOA
| 1||in_presence_of(UniProt id) ||||||F||BHF-UCL||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|-
|-
| 76||in_presence_of(GO, ChEBI, UniProt id)||||P||||||UniProt-GOA
| 3||independent_of(GO id)||||C||||PomBase||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|-
|-
| 1||in_presence_of(UniProt id) ||||||||F||BHF-UCL
| 1||independent_of(GO ID)||P||||||UniProt-GOA||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|-
|-
| 3||independent_of(GO id)||||||C||||PomBase
| 4||localization_dependency (PomBase ids)||P||||||PomBase||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|-
|-
| 1||independent_of(GO ID)||||P||||||UniProt-GOA
| 93||localization_dependent_on(CHEBI and GO id)||||C||F||UniProt-GOA||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|-
|-
| 4||localization_dependency (PomBase ids)||||P||||||PomBase
| 1||localization_target (PomBase ids)||P||||||PomBase||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|-
|-
| 93||localization_dependent_on(CHEBI and GO id)||||||C||F||UniProt-GOA
| 60||localizes(GO, PomBase ids)||P||C||||PomBase||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|-
|-
| 1||localization_target (PomBase ids)||||P||||||PomBase
| 10||localizes(UBERON id) ||P||C||F||BHF-UCL||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|-
|-
| 60||localizes(GO, PomBase ids)||||P||C||||PomBase
| 1||localizes(UniProtKB id)||P||||||dictyBase||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|-
|-
| 10||localizes(UBERON id) ||||P||C||F||BHF-UCL
| 27131||occurs_in(CL id)||P||||F||MGI||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|-
|-
| 1||localizes(UniProtKB id)||||P||||||dictyBase
| 15||occurs_in(CL id) P||P||||||BHF-UCL||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|-
|-
| 27131||occurs_in(CL id)||||P||||F||MGI
| 30,477||occurs_in(GO id)||||||F||IntAct||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|-
|-
| 15||occurs_in(CL id) P||||P||||||BHF-UCL
| 9||occurs_in(Pfam or GO id) ||P||||F||PomBase||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|-
|-
| 30,477||occurs_in(GO id)||||||||F||IntAct
| 11,095||occurs_in(Reactome protein complex identifier)||P||C||F||Reactome||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|-
|-
| 9||occurs_in(Pfam or GO id) ||||P||||F||PomBase
| 1113||occurs_in(UBERON,CL id) ||P||C||F||UniProt-GOA||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|-
|-
| 11,095||occurs_in(Reactome protein complex identifier)||||P||C||F||Reactome
| 265||part_of (CL, UBERON id, GO id) ||P||C||||UniProt-GOA||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|-
|-
| 1113||occurs_in(UBERON,CL id) ||||P||C||F||UniProt-GOA
| 10880||part_of(CL id)||||C||||MGI||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|-
|-
| 265||part_of (CL, UBERON id, GO id) ||||P||C||||UniProt-GOA
| 1||protease_activator(PomBase)||P||||||PomBase||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|-
|-
| 10880||part_of(CL id)||||||C||||MGI
| 1||protease_inhibitor_of(PomBase||F||||||PomBase||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|-
|-
| 1||protease_activator(PomBase)||||P||||||PomBase
| 2||required_for(GO id)||||C||F||PomBase||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|-
|-
| 1||protease_inhibitor_of(PomBase||||F||||||PomBase
| 2||requires_substance(ChEBI ID)||F||||||UniProt-GOA||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|-
|-
| 2||required_for(GO id)||||||C||F||PomBase
| 2||stabilizes(UniProt id)||P||||||UniProt-GOA||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|-
|-
| 2||requires_substance(ChEBI ID)||||F||||||UniProt-GOA
| 2||stablizes(PomBase ids)||P||||||PomBase||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|-
|-
| 2||stabilizes(UniProt id)||||P||||||UniProt-GOA
| 1||transcriptionally_regulates(PomBase id)||P||||||PomBase||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|-
|-
| 2||stablizes(PomBase ids)||||P||||||PomBase
| 7||||||||||WormBase: contains either CheBI or WB identifiers, but not supplied with any relationships.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|-
|-
| 1||transcriptionally_regulates(PomBase id)||||P||||||PomBase
| 491||||||||||SGN: contains genomic identifiers: e.g. AB623205.1; missing a tab?||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|-
|-
| 7||||||||||||WormBase: contains either CheBI or WB identifiers, but not supplied with any relationships.
| 83588||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|-
|-
| 491||||||||||||SGN: contains genomic identifiers: e.g. AB623205.1; missing a tab?
|  
|}

Revision as of 11:12, 5 April 2012

Agenda:

Discussion of the annotation_extension field

1. Introduction to the basic format of this field

2. Data inappropriate for the Annotation Extension field

3. What information are groups currently adding into this field? File:C16 values per group.xls

Annotation Count relationship and associated ids types GO ID Process GO ID Component GO ID Function Assigned_by ' ' ' ' ' ' ' ' ' ' ' ' ' ' ' ' ' ' ' ' ' ' ' ' ' ' ' ' ' ' ' ' ' ' ' ' ' ' ' ' ' ' ' ' ' ' ' ' ' '
4 acts_at(SO id) P C PomBase
3 dependent_on(GO id) P C BHF-UCL
38 dependent_on(GO id, Pfam id or PomBase id) P C F PomBase
39 dependent_on(GO id, UniProtKB id) P C F UniProt-GOA
288 during (GO id) P C F PomBase
3 exists_during(GO id) C PomBase
3 exists_during(GO id) F UniProt-GOA
2 exists_during(GO id) C dictyBase
7 happens_during(GO id) P BHF-UCL
1 happens_during(GO id) P PomBase
39 happens_during(GO id) P C F UniProt-GOA
2 has_binding_specificity(SO id) C PomBase
12 has_downstream_target (UniProt id) P BHF-UCL
18 has_downstream_target(UniProt id) P UniProt-GOA
139 has_input(CL, UBERON, UniProt and CHEBI ids) P F UniProt-GOA
7 has_input(UniProt id) P BHF-UCL
1 has_output(UniProt id) P BHF-UCL
1 has_participant(GO id) P BHF-UCL
49 has_participant(GO, UniProt id) P F UniProt-GOA
26 has_regulation_target (ChEBI id, Ensembl, UniProt ids) P BHF-UCL
745 has_regulation_target(UniProt id) P F UniProt-GOA
48 has_substrate (Genedb_Spombe, PomBase, PR, GO ids) P F PomBase
329 has_substrate(CHEBI and UniProt ids) P F UniProt-GOA
1 has_substrate(CL id) F BHF-UCL
1 has_target_anatomical_entity(GO id) F BHF-UCL
37 has_target_cell(CL id) P UniProt-GOA
1 has_upstream_or_downstream_target(UniProt id) P UniProt-GOA
76 in_presence_of(GO, ChEBI, UniProt id) P UniProt-GOA
1 in_presence_of(UniProt id) F BHF-UCL
3 independent_of(GO id) C PomBase
1 independent_of(GO ID) P UniProt-GOA
4 localization_dependency (PomBase ids) P PomBase
93 localization_dependent_on(CHEBI and GO id) C F UniProt-GOA
1 localization_target (PomBase ids) P PomBase
60 localizes(GO, PomBase ids) P C PomBase
10 localizes(UBERON id) P C F BHF-UCL
1 localizes(UniProtKB id) P dictyBase
27131 occurs_in(CL id) P F MGI
15 occurs_in(CL id) P P BHF-UCL
30,477 occurs_in(GO id) F IntAct
9 occurs_in(Pfam or GO id) P F PomBase
11,095 occurs_in(Reactome protein complex identifier) P C F Reactome
1113 occurs_in(UBERON,CL id) P C F UniProt-GOA
265 part_of (CL, UBERON id, GO id) P C UniProt-GOA
10880 part_of(CL id) C MGI
1 protease_activator(PomBase) P PomBase
1 protease_inhibitor_of(PomBase F PomBase
2 required_for(GO id) C F PomBase
2 requires_substance(ChEBI ID) F UniProt-GOA
2 stabilizes(UniProt id) P UniProt-GOA
2 stablizes(PomBase ids) P PomBase
1 transcriptionally_regulates(PomBase id) P PomBase
7 WormBase: contains either CheBI or WB identifiers, but not supplied with any relationships.
491 SGN: contains genomic identifiers: e.g. AB623205.1; missing a tab?
83588